Bylo mu 28 let, sféra Deva (Yahiko) vážila 57, 2 kg a měřila 176, 5 cm. Nagato byl posedlý mírem. Na první pohled Nagato působil jako flegmatik, byl velmi klidný a vyrovnaný. Pro dosažení svého cíle, mír, byl schopen obětovat cokoli, používal k plnění svého snu velmi drastické metody plné bolesti, protože si byl jistý, že jinou cestou není možné dosáhnout míru.  Měl červené vlasy a velmi vysokou a štíhlou postavu.

Pozor, tato část obsahuje spoiler:

V pozdějším filleru nám byla ukázána Peinova minulost. P. Masashi nám ukázal, v čem vězela Nagatova posedlost.

Nagato se narodil v poklidné vesnici, ve které neexistovala ninja akademie, nebo jakýkoli ninja. Byla to vesnice prostých lidí.

Vypukla válka a právě Nagatova malá a bezbranná vesnice se stala bojištěm pro národy ninjů, bojující proti sobě. Válkou zničená vesnice ukrývala jen posledních pár přeživších, mezi nimi byl i Nagato s rodiči.  Jednoho dne k nim vtrhnou ninjové z Konohy kvůli jídlu. Nagato se bude snažit utéct i se svými rodiči, při útěku ale přestane dávat pozor a nechtěně shodí vázu. To upoutá pozornost vetřelců, a ti, v domnění, že je bezbranná rodina plná ninjů a nepřátel, zabijí matku a otce malého chlapce. Poté si všimnou, že se spletli a Nagatovi se omlouvají za vraždu jeho rodiny. U toho se ale probudil Rinnegan a aniž by si to uvědomil, ninjy z Listové bez nejmenšího problému zabil.

Hned nato se jen s malými zásobami, po pohřbu svých  rodičů, vydává pryč ze své naprosto zničené vesnice. Zanedlouho začíná ale hladovět, a když mu i v posledním době odmítli dát jídlo, potkává na konci svých sil dívenku, Konan, která mu nabídla jídlo, a tím mu zachránila život.

Později ho modrovlasá dívka dovede do skrýše, i ke svému kamarádovi, zrzavému klukovi, Yahikovi. Děti se rychle spřátelí a společně odolávají válce a hladu.

Nakonec potkají Tři legendární Sanniny z Listové, Tsunade, Orochimara a Jiraiyu, a když je uvidí děti bojovat, rozhodne se Yahiko, že se pokusí požádat jednoho z nich o trénink. Jiraiya jim vyhoví a na pár let se stává jejich učitelem. Když se ujistí, že se děti budou moci bránit v případě nebezpečí, odchází zpátky do Konohy.

Nagato, Yahiko a Konan ale vyrostli a založili skupinu bojující pro spravedlnost, mír a poklid v Deštné vesnici, která se stala slavnou téměř přes noc. Skupina se rozrostla a Yahiko se stal jejich vůdcem. Když ale poté chtěli uzavřít smlouvu s Deštnou vesnicí a jejich vůdcem, Hanzem, překvapila je zrada ze strany Deštných. Hanzo poručil Nagatovi, aby zabil Yahika, pokud to neudělá, zabije Konan. Yahiko dlouho nepřemýšlel a vrhl se do spárů smrti, než aby obětoval svoji kamarádku.

To udělá z Nagata vůdce skupiny, a tím vznikne Akatsuki. Nagato se stane nejsilnějším ninjou a Bohem Deštné vesnice, ve které ho všichni uznávají. Společně se svou organizací, Akatsuki, dává dohromady ocasé démony, aby je mohl použít pro mír celého světa.

V Deštné zabije Jiraiya a později se vydává  i do Konohy, pro devítiocasého Jinchuurikiho, Naruta. Když Naruto zničí sféru Deva (Yahikovo tělo),  pomocí svého Sage módu nachází pravého Peina a vydává se za ním, údajně si promluvit. Naruto Peina našel i s Konan po boku, ale místo, aby svého nepřítele zabil, chtěl slyšet jeho příběh. Nagato mu ho poví pod podmínkou, že mu Naruto řekne svou odpověď na otázku: „Jakým jiným způsobem, než bolestí, se dá utvořit mír?“

Naruto uzná, že si Nagato nezaslouží zemřít, odpoví mu na otázku a hned na to se Nagato rozhodne, že bude věřit jemu, a že mu předává poslání utvořit mír. Poté složí pečetě a svou technikou oživí všechny mrtvé z Konohy, které po svém příchodu zabil. Tato technika pro něj znamenala smrt z důvodu nedostatku síly a chakry.

Zajímavost:

Nagato používal 7 sfér. Každá sféra znamenala jednoho mrtvého člověka s jednou konkrétní technikou. Všechny sféry se podobaly přijímači chakry umístěnými po celém těle, zrzavými vlasy, a především Rinneganem.